add dic_type_statut

pivot_bdc_status/README.md

@@ -0,0 +1,45 @@
+# Exctraction de la BDC Statut à partir d'une liste de taxon.
+Le fichier source doit contenir à minima une colone contenant les `cd_nom` ou `cd_ref` concernés par l'extraction à réaliser.
+Dans le cas où il contient d'autres colonnes (date, nombre, observateur, ...), celles-ci seront jointes au sein des feuillets `pivot_table` et `pivot_libel` ; cf.ci-dessous.
+
+
+L'export obtenu se compose des trois feuillets suivant :
+- v_bdc_status : c'est un export qusi pure de la vue `taxonomie.v_bdc_status`.  
+|cd_nom|cd_ref|regne|phylum|classe|ordre|famille|group1_inpn|group2_inpn|group3_inpn|nom_vern|nom_complet|nom_valide|lb_nom|rq_statut|code_statut|cd_type_statut|label_statut|full_citation|doc_url|  
+|-|-|
+- pivot_table : Il correspond à l'export de la vue `taxonomie.v_bdc_status` retourner pour avoir les codes status en colonnes et non en ligne en face de chaque espèce (1 ligne = 1 espèce).  
+Au sein de ce feuillet, il est possible qu'une espèce pour un statut, possède plusieurs codes statut. Ces codes seront alors écrit entre `[]` (C'est souvent le cas pour les listes LRN concernant les oiseaux). Dans ce cas, référez-vous au feuillet `v_bdc_status` en filtrant sur l'espèce concerné pour en savoir plus. C'est souvent lié au fait que l'espèce possède un statut différent en fonction des conditions d'observations (exemple : Hiverant, Nicheur, ...).  
+Les colonnes récupérées sont les suivantes : 
+	- AL : Liste d'alerte départementale
+	- BARC : Convention de Barcelone
+	- BERN : Convention de Berne
+	- BONN : Convention de Bonn
+	- OSPAR : Convention OSPAR
+	- DH : Directive Habitat
+	- DO : Directive Oiseaux
+	- LRE : Liste rouge européenne
+	- LRM : Liste rouge mondiale
+	- LRN : Liste rouge nationale
+	- LRR_AURA : Liste rouge régionale AURA
+	- LRR_RA : Liste rouge régionale (ancienne région)  
+	- PNA : Plan national en cours
+	- exPNA : Plan national terminé
+	- PAPNAT : Priorité action publique nationale
+	- POM : Protection COM
+	- PD : Protection départementale
+	- PN : Protection nationale
+	- PR : Protection régionale
+	- REGLII : Interdiction d'introduction
+	- REGLLUTTE : Lutte contre certaines espèces
+	- REGL : Réglementation
+	- REGLSO : Réglementation sans objet
+	- SCAP NAT : SCAP nationale
+	- SCAP REG : SCAP régionale
+	- SENSDEP : Sensibilité départementale
+	- SENSNAT : Sensibilité nationale
+	- SENSREG : Sensibilité régionale
+	- ZDET : ZNIEFF Déterminantes
+
+	**ATTENTION :** Il est normal de ne pas retrouver tous les statuts cités à chaque export car les types de statuts non concernées par la liste d'espèce soumises ne figureront pas dans le tableau. 
+- pivot_libel : Identique à `pivot_table` mais contenant les intitulés des statuts à la place des codes.
+- dic_type_statut : Dictionnaire des types de status concerné par l'extraction.

pivot_bdc_status/pivot_bdc_status.py

@@ -37,6 +37,12 @@ def get_status(lst,con):
     ;""".format(cd_nom = tuple(lst))
     return pd.read_sql_query(sql,con)
 
+def get_type_status(con):
+    sql = """
+        SELECT * FROM taxonomie.bdc_statut_type
+    ;"""
+    return pd.read_sql_query(sql,con)
+
 def get_api_status(api,cd_nom:int):
     res = requests.api.get('%s/%i'%(api,cd_nom))
     if res.status_code == 200:
@@ -225,6 +231,8 @@ if __name__ == "__main__":
     
     # Récupération des statuts
     df = get_status(taxlist[cd_col].astype(str),con_gn)
+    typ = get_type_status(con_gn)
+    typ = typ[typ.cd_type_statut.isin(df.cd_type_statut.unique())]
 
     # Distinction LRR [old vs new] région
     is_lrr = df.cd_type_statut == 'LRR'
@@ -287,3 +295,8 @@ if __name__ == "__main__":
             )
         # writer.save()
         print('pivot_libel OK !')
+        typ.to_excel(
+            writer,sheet_name='dic_type_statut',index=False
+            )
+        # writer.save()
+        print('dic_type_statut OK !')