Exctraction de la BDC Statut à partir d'une liste de taxon.

Le fichier source doit contenir à minima une colone contenant les cd_nom ou cd_ref concernés par l'extraction à réaliser. Dans le cas où il contient d'autres colonnes (date, nombre, observateur, ...), celles-ci seront jointes au sein des feuillets pivot_table et pivot_libel ; cf.ci-dessous.

L'export obtenu se compose des feuillets suivants :

v_bdc_status : c'est un export qusi pure de la vue taxonomie.v_bdc_status.

cd_nom cd_ref regne phylum classe ordre famille group1_inpn group2_inpn group3_inpn nom_vern nom_complet nom_valide lb_nom rq_statut code_statut cd_type_statut label_statut full_citation doc_url
pivot_table : Il correspond à l'export de la vue taxonomie.v_bdc_status retourner pour avoir les codes status en colonnes et non en ligne en face de chaque espèce (1 ligne = 1 espèce).
Au sein de ce feuillet, il est possible qu'une espèce pour un statut, possède plusieurs codes statut. Ces codes seront alors écrit entre [] (C'est souvent le cas pour les listes LRN concernant les oiseaux). Dans ce cas, référez-vous au feuillet v_bdc_status en filtrant sur l'espèce concerné pour en savoir plus. C'est souvent lié au fait que l'espèce possède un statut différent en fonction des conditions d'observations (exemple : Hiverant, Nicheur, ...).
Les colonnes récupérées sont les suivantes :
- AL : Liste d'alerte départementale
- BARC : Convention de Barcelone
- BERN : Convention de Berne
- BONN : Convention de Bonn
- OSPAR : Convention OSPAR
- DH : Directive Habitat
- DO : Directive Oiseaux
- LRE : Liste rouge européenne
- LRM : Liste rouge mondiale
- LRN : Liste rouge nationale
- LRR_AURA : Liste rouge régionale AURA
- LRR_RA : Liste rouge régionale (ancienne région)
- PNA : Plan national en cours
- exPNA : Plan national terminé
- PAPNAT : Priorité action publique nationale
- POM : Protection COM
- PD : Protection départementale
- PN : Protection nationale
- PR : Protection régionale
- REGLII : Interdiction d'introduction
- REGLLUTTE : Lutte contre certaines espèces
- REGL : Réglementation
- REGLSO : Réglementation sans objet
- SCAP NAT : SCAP nationale
- SCAP REG : SCAP régionale
- SENSDEP : Sensibilité départementale
- SENSNAT : Sensibilité nationale
- SENSREG : Sensibilité régionale
- ZDET : ZNIEFF Déterminantes
ATTENTION : Il est normal de ne pas retrouver tous les statuts cités à chaque export car les types de statuts non concernées par la liste d'espèce soumises ne figureront pas dans le tableau.
pivot_libel : Identique à pivot_table mais contenant les intitulés des statuts à la place des codes.
dic_type_statut : Dictionnaire des types de status concerné par l'extraction.

Configuration du fichier

Les variables à modifier se situe de l.215 à l.225 :

l.215 : Import/Définition de la connexion à la bdd GéoNature. En cas de définition de la connexion, ajoutez/completez le code ci-dessous :

from sqlalchemy import create_engine
from sqlalchemy.engine import URL
gn_user = 'XXXX'
gn_pwd  = 'XXXX'
gn_adr  = 'XXXX'
gn_base = 'XXXX'
gn_url  = URL.create("postgresql+psycopg2", username=gn_user, password=gn_pwd, host=gn_adr, database=gn_base)
con_gn  = create_engine(gn_url)

l.219 : Variable de configuration de lecture du fichier Excel contenant l'ensemble des taxons.
l.225 : Intitulé de la colonne listant les codes taxonomiques.