init depot renew

2026-09-22 11:58:57 +02:00
commit e9fa6a7309
205 changed files with 39721 additions and 0 deletions
@@ -0,0 +1,112 @@
+#!/usr/bin/env python3
+# -*- coding: UTF-8 -*-
+
+import geopandas as gpd
+import pandas as pd
+from sqlalchemy.engine import URL
+from sqlalchemy import create_engine
+
+# Parametres bdd HOMER - sicen2
+from pycen import con_sicen
+schema_hom = 'saisie'
+table_hom  = 'saisie_observation'
+
+# Parametres bdd HOMER - geonature
+from pycen import con_gn as con_geo
+schema_geo = 'taxonomie'
+table_geo  = 'taxref'
+
+
+file = True
+path_file = '/home/colas/Documents/9_PROJETS/6_GEONATURE/MODULES/Macrophytes/Module_Macrophytes_Liste_Espèces.xlsx'
+
+taxref = False
+args = {
+    'sous_famille': 'Zygaeninae'
+}
+
+
+if file:
+    if path_file.split(r'.',1)[-1] == 'xlsx':
+        f = pd.read_excel(path_file)
+        f.columns = f.colufmns.str.lower()
+        lst_cdnom = f.cd_nom.astype(str).unique()
+    elif path_file.rsplit(r'.',1)[-1] == 'csv':
+        f = pd.read_csv(path_file)
+        f.columns = f.columns.str.lower()
+        lst_cdnom = f.cd_nom.astype(str).unique()
+elif taxref:
+    sql = 'SELECT * FROM {sch}.{tab}'.format(sch = schema_geo,tab = table_geo)
+    sql += ' WHERE %s'%' AND '.join([
+        x+'='+"'%s'"%args[x] if isinstance(args[x],str) else x+' in %s'%str(tuple(args[x])) for x in args
+    ])
+    df_tax = pd.read_sql_query(sql,con_geo)
+    lst_cdnom = df_tax.cd_nom.astype(str).unique()
+else:
+    sql = 'SELECT * FROM {sch}.{tab}'.format(sch=schema_hom, tab=table_hom)
+    gdf_saisie = gpd.read_postgis(
+        sql = sql,
+        con = con_sicen,
+        geom_col = 'geometrie'
+    )
+    lst_cdnom = gdf_saisie.cd_nom.unique()
+
+# Récupération de la liste taxref non présents
+# dans la table bib_noms
+sql = """
+SELECT DISTINCT cd_nom,cd_ref,nom_vern,id_rang FROM {sch}.{tab} 
+WHERE cd_nom IN ('{lst}')
+AND cd_nom NOT IN (SELECT cd_nom FROM {sch}.bib_noms WHERE cd_nom IN ('{lst}'))
+""".format(
+    sch = schema_geo,
+    tab = table_geo,
+    lst = "','".join(lst_cdnom)
+)
+df_taxref = pd.read_sql_query(sql,con_geo)
+df_taxref.rename(columns={'nom_vern':'nom_francais'}, inplace=True)
+
+# Envoie de la liste dans la table taxonomie.bib_noms
+df_taxref.drop(columns=['id_rang']).to_sql(
+    name = 'bib_noms',
+    con = con_geo,
+    schema=schema_geo,
+    if_exists='append',
+    index=False
+)
+
+# récupération des IDs la table taxonomie.bib_noms
+sql = 'SELECT distinct cd_nom FROM {sch}.{tab} WHERE cd_nom IN ({id_nom_max})'.format(
+    sch = schema_geo,
+    tab = 'bib_noms',
+    id_nom_max = ",".join(lst_cdnom))
+
+id_liste = 112 # id_liste de la liste présente dans la table taxonomie.bib_listes
+sql = """
+SELECT id_nom FROM {sch}.{tab} WHERE cd_nom IN ({id_nom_max})
+AND id_nom NOT IN (SELECT id_nom FROM {sch}.cor_nom_liste WHERE id_liste = '{id_liste}')
+""".format(
+    sch = schema_geo,
+    tab = 'bib_noms',
+    id_nom_max = ",".join(lst_cdnom),
+    id_liste = id_liste
+)
+_df = pd.read_sql_query(sql,con_geo)
+# _df = pd.read_sql_table(
+#     table_name='bib_noms',
+#     con= con_geo,
+#     schema=schema_geo
+# )
+_df['id_liste'] = id_liste    # id_liste de la liste présente dans la table taxonomie.bib_listes
+df = _df[['id_liste','id_nom']]
+# envoie de la liste dans la table taxonomie.bib_noms
+df.to_sql(
+    name = 'cor_nom_liste',
+    con = con_geo,
+    schema=schema_geo,
+    if_exists='append',
+    index=False
+)
+
+sql = 'SELECT * FROM {sch}.cor_nom_liste'.format(
+    sch = schema_geo)
+cor_nom_liste = pd.read_sql_query(sql,con_geo)