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@@ -0,0 +1,95 @@
+#!/usr/bin/env python3
+# -*- coding: UTF-8 -*-
+#Nom :  : taxref.py
+#Description : 
+#Copyright : 2021, CEN38
+#Auteur    : Colas Geier
+#Version : 1.0
+
+
+import pandas as pd
+
+PATHIN = '~/Documents/5_BDD/TAXON/TAXREF/TAXREF_V14_2020/'
+FILE = 'TAXREFv14.txt'
+sep = '\t'
+LB_NOM = 'Taraxacum bulbosum'
+
+df = pd.read_csv(PATHIN+FILE, sep = sep)
+
+# tar = df[df.LB_NOM.str.contains('Taraxacum')].iloc[:,:15]
+# tarbulb = tar[tar.LB_NOM == 'Taraxacum bulbosum']
+# taxref = df[df.CD_NOM == tarbulb.CD_REF]
+
+# lst_taxon = df[df.LB_NOM.str.contains('Taraxacum') & df.RANG.str.fullmatch('ES')].iloc[:,:15].CD_NOM
+
+
+esp2 = df[df.LB_NOM == LB_NOM]
+df2 = df3 = esp3 = esp2
+rang3 = rang2 = esp2.RANG.values[0]
+
+
+def get_taxonomie (taxon, taxref, detail = False):
+  # Définition du niveau de détail
+  if detail:
+    cd_taxsup = 'CD_SUP'
+  else:
+    cd_taxsup = 'CD_TAXSUP'
+  
+  esp = taxref[taxref.CD_NOM == taxon]
+  esp_nom = esp.LB_NOM.values[0]
+
+  # Récupértation de l'espèce de référence
+  if esp.CD_NOM.equals(esp.CD_REF) :
+      print('OK')
+      espref = esp
+  else:
+      espref = taxref[taxref.CD_NOM == esp.CD_REF.values[0]]
+
+  esptemp = esp
+  rang = esp.RANG.values[0]
+
+  # Récupération de la taxonomie
+  while (rang != 'KD'):
+      reftemp = taxref[taxref.CD_NOM == esptemp.CD_REF.values[0]]
+      taxsup = taxref[taxref.CD_NOM == reftemp[cd_taxsup].values[0]]
+      esptemp = taxsup
+      rang = esptemp.RANG.values[0]
+      esp = esp.combine_first(taxsup)
+
+  # Transpose les noms de rangs en ligne
+  tmp = esp[['RANG', 'LB_NOM']]
+  tmp.set_index('RANG', inplace=True)
+  tmp = tmp.T
+  tmp.columns.name = None
+  tmp.reset_index(drop=True, inplace=True)
+  id_cdnom = esp.columns.to_list().index('CD_NOM')
+  esp = esp[esp.LB_NOM == esp_nom].iloc[:,id_cdnom:]
+  esp.reset_index(drop=True, inplace=True)
+  tmp.join(esp, how='outer')
+
+
+  
+
+
+
+
+
+while (rang2 != 'KD'):
+  print(rang2)
+  espref = df[df.CD_NOM == esp2.CD_REF.values[0]]
+  taxsup = df[df.CD_NOM == espref.CD_TAXSUP.to_list()[0]]
+  esp2 = taxsup
+  rang2 = esp2.RANG.to_list()[0]
+  df2 = pd.concat([df2, taxsup])
+
+df2.iloc[:,:15]
+
+while (rang3 != 'KD'):
+  print(rang3)
+  espref = df[df.CD_NOM == esp3.CD_REF.to_list()[0]]
+  taxsup = df[df.CD_NOM == espref.CD_SUP.to_list()[0]]
+  esp3 = taxsup
+  rang3 = esp3.RANG.to_list()[0]
+  df3 = pd.concat([df3, taxsup])
+
+df3.iloc[:,:15]