correction des données hors taxref

1_SICEN/correct_data_notTaxref.py

@@ -0,0 +1,107 @@
+from pycen import con_gn,con_sicen, update_to_sql
+import pandas as pd
+
+
+############################
+####### Araignée sp. #######
+######## Fungi sp. #########
+############################
+dict_tax = {
+    'Pachygnatha sp':195648,
+    'Clubiona sp':190950,
+    'Enoplognatha sp':192179,
+    'Tetragnatha sp':198316,
+    'Linyphiidae sp':184366,
+    'Episinus sp':192245,
+    'Evarcha sp':192480,
+    'Thanatus sp':198365,
+    'Xysticus sp':199101,
+    'Araneidae sp':184354,
+    'Pardosa cf saltans':457342, # doute
+    'Zora sp':199158,
+    'Piratula sp':806893,
+    'Pardosa sp':195830,
+    'Thomisidae sp':184390,
+    'Gnaphosidae sp':184362,
+    'Araniella sp':189390,
+    'Pirata sp':196303,
+    'Trochosa sp':198691,
+    'Zelotes sp':199129,
+    'Agelena sp':188876,
+    'Ozyptila sp':202569,
+    'Metellina sp':202546,
+    'Hyptiotes cf paradoxus':1058, # doute
+    'Phrurolithus sp':196174,
+    'Tegenaria sp':198254,
+    'Singa sp':197676,
+    'Heliophanus sp':193148,
+    'Zodarion sp':199147,
+    'Tmarus sp':198482,
+    'Dysdera sp':192003,
+    'Liocranidae sp':184367,
+    'Micaria sp':194695,
+    'Salticidae sp':184381,
+    'Agroeca sp':188904,
+    'Lycosidae sp':184368,
+    'Zora cf spinimana':1753, # doute
+    'Marpissa sp':194474,
+    'Alopecosa sp':188992,
+    # 'Amphinema diadema':,             # Contact fournisseur données : RIVOIRE Bernard
+    'Hyphodermella rosae':905273,
+    'Cartilosoma rene-hentic':905220,
+    # 'Phanerochaete livescens':,       # Appeler CBNA / RIVOIRE Bernard
+    # 'Thanatephorus brevisporus':,     # Contact fournisseur données : RIVOIRE Bernard
+    'Phlebia acerina':970280 }
+
+
+sql = """
+    select id_obs,remarque_obs FROM saisie.saisie_observation WHERE cd_nom in ('9999077','9999078')
+    and remarque_obs not ilike '%%Amphinema diadema%%'
+    and remarque_obs not ilike '%%Phanerochaete livescens%%'
+    and remarque_obs not ilike '%%Thanatephorus brevisporus%%'
+"""
+df = pd.read_sql(sql, con_sicen)
+
+df['cd_nom']  = (df['remarque_obs']
+    .str.split('|',n=1)
+    .str[0]
+    .str.replace('Nom taxon saisi :','')
+    .str.strip()
+    .replace(dict_tax)
+)
+
+sql = 'SELECT cd_nom,regne,nom_vern,phylum,famille,classe,ordre,nom_complet,nom_valide FROM taxonomie.taxref WHERE cd_nom IN {}'
+tax = pd.read_sql(sql.format(tuple(df['cd_nom'].unique())), con_gn)
+
+df = (df.merge(tax,how='left',on='cd_nom')
+    .drop(columns=['remarque_obs'])
+    .astype({'cd_nom':str}))
+
+update_to_sql(
+    df,
+    con_sicen,
+    'saisie_observation',
+    'saisie','id_obs')
+
+
+############################
+######## Myotis sp. ########
+############################
+
+dict_tax = {'9999058':195005}
+sql = """
+    select id_obs,cd_nom FROM saisie.saisie_observation WHERE cd_nom = '9999058'
+"""
+df = pd.read_sql(sql, con_sicen)
+df.replace({'cd_nom':dict_tax},inplace=True)
+
+sql = 'SELECT cd_nom,regne,nom_vern,phylum,famille,classe,ordre,nom_complet,nom_valide FROM taxonomie.taxref WHERE cd_nom = %i'
+tax = pd.read_sql(sql%df['cd_nom'].unique()[0], con_gn)
+
+df = (df.merge(tax,how='left',on='cd_nom')
+    .astype({'cd_nom':str}))
+update_to_sql(
+    df,
+    con_sicen,
+    'saisie_observation',
+    'saisie','id_obs')