import pandas as pd
import geopandas as gpd

from pycen import con_gn

path = '/home/colas/Documents/5_BDD/TAXON/TAXREF/TAXREF_V14_2020/'
cdnom_disparu = pd.read_excel(path+'CDNOM_DISPARUS.xls')
cdnom_disparu.columns = cdnom_disparu.columns.str.lower()

def get_bib_list(name):
    sql = """SELECT bn.* 
        FROM taxonomie.bib_noms bn
            JOIN taxonomie.cor_nom_liste c USING (id_nom) 
            JOIN taxonomie.bib_listes bl USING (id_liste)
        WHERE lower(bl.nom_liste) = '%s';
    """%name.lower()
    return pd.read_sql_query(sql,con_gn)

amp = get_bib_list('Amphibiens')
amp[amp.cd_nom.isin(cdnom_disparu.cd_nom_remplacement)]
odo = get_bib_list('Odonates')
odo[odo.cd_nom.isin(cdnom_disparu.cd_nom_remplacement)]
flo = get_bib_list('Flore')
flo[flo.cd_nom.isin(cdnom_disparu.cd_nom_remplacement)]

cdnom_disparu[cdnom_disparu.cd_nom_remplacement.isin(amp.cd_nom)]
cdnom_disparu[cdnom_disparu.cd_nom_remplacement.isin(flo.cd_nom)]