#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: UTF-8 -*-
#Nom :  : taxref.py
#Description : 
#Copyright : 2021, CEN38
#Auteur    : Colas Geier
#Version : 1.0


import pandas as pd

PATHIN = '~/Documents/5_BDD/TAXON/TAXREF/TAXREF_V14_2020/'
FILE = 'TAXREFv14.txt'
sep = '\t'
LB_NOM = 'Taraxacum bulbosum'

df = pd.read_csv(PATHIN+FILE, sep = sep)

# tar = df[df.LB_NOM.str.contains('Taraxacum')].iloc[:,:15]
# tarbulb = tar[tar.LB_NOM == 'Taraxacum bulbosum']
# taxref = df[df.CD_NOM == tarbulb.CD_REF]

# lst_taxon = df[df.LB_NOM.str.contains('Taraxacum') & df.RANG.str.fullmatch('ES')].iloc[:,:15].CD_NOM


esp2 = df[df.LB_NOM == LB_NOM]
df2 = df3 = esp3 = esp2
rang3 = rang2 = esp2.RANG.values[0]


def get_taxonomie (taxon, taxref, detail = False):
  # Définition du niveau de détail
  if detail:
    cd_taxsup = 'CD_SUP'
  else:
    cd_taxsup = 'CD_TAXSUP'
  
  esp = taxref[taxref.CD_NOM == taxon]
  esp_nom = esp.LB_NOM.values[0]

  # Récupértation de l'espèce de référence
  if esp.CD_NOM.equals(esp.CD_REF) :
      print('OK')
      espref = esp
  else:
      espref = taxref[taxref.CD_NOM == esp.CD_REF.values[0]]

  esptemp = esp
  rang = esp.RANG.values[0]

  # Récupération de la taxonomie
  while (rang != 'KD'):
      reftemp = taxref[taxref.CD_NOM == esptemp.CD_REF.values[0]]
      taxsup = taxref[taxref.CD_NOM == reftemp[cd_taxsup].values[0]]
      esptemp = taxsup
      rang = esptemp.RANG.values[0]
      esp = esp.combine_first(taxsup)

  # Transpose les noms de rangs en ligne
  tmp = esp[['RANG', 'LB_NOM']]
  tmp.set_index('RANG', inplace=True)
  tmp = tmp.T
  tmp.columns.name = None
  tmp.reset_index(drop=True, inplace=True)
  id_cdnom = esp.columns.to_list().index('CD_NOM')
  esp = esp[esp.LB_NOM == esp_nom].iloc[:,id_cdnom:]
  esp.reset_index(drop=True, inplace=True)
  tmp.join(esp, how='outer')


  





while (rang2 != 'KD'):
  print(rang2)
  espref = df[df.CD_NOM == esp2.CD_REF.values[0]]
  taxsup = df[df.CD_NOM == espref.CD_TAXSUP.to_list()[0]]
  esp2 = taxsup
  rang2 = esp2.RANG.to_list()[0]
  df2 = pd.concat([df2, taxsup])

df2.iloc[:,:15]

while (rang3 != 'KD'):
  print(rang3)
  espref = df[df.CD_NOM == esp3.CD_REF.to_list()[0]]
  taxsup = df[df.CD_NOM == espref.CD_SUP.to_list()[0]]
  esp3 = taxsup
  rang3 = esp3.RANG.to_list()[0]
  df3 = pd.concat([df3, taxsup])

df3.iloc[:,:15]