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Python
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import pandas as pd
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from os import path
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from pycen import con_gn
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# PARAMS
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PATH = '/media/cgeier/SRV/FICHIERS/OUTILS/CARTOGRAPHIE/ESPACE DE TRAVAIL/SITES/Lone de la Negria/Faune-Flore/Données partenaires/1.Données nettoyées/Golf Club Lyon Faune Flore Oxalis 2021/'
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file = 'Golf Club Lyon Faune Flore Oxalis 2021.csv'
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# READ DATA
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tax = pd.read_sql('SELECT * FROM taxonomie.taxref',con_gn)
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df = pd.read_csv(path.join(PATH,file),index_col=0)
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# MAKE DICTIONARY
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dic_tax_comp = dict(zip(tax.nom_complet,tax.cd_ref.astype(str)))
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dic_tax_vali = dict(zip(tax.nom_valide,tax.cd_ref.astype(str)))
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dic_tax_lbno = dict(zip(tax.lb_nom,tax.cd_ref.astype(str)))
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dic_tax_vern = dict(zip(tax.nom_vern,tax.cd_ref.astype(str)))
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# MANIP DATA
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df['cd_ref'] = df.NOMCITE.copy()
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df.replace({'cd_ref':dic_tax_comp},inplace=True)
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df.replace({'cd_ref':dic_tax_vali},inplace=True)
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df.replace({'cd_ref':dic_tax_lbno},inplace=True)
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df.replace({'cd_ref':dic_tax_vern},inplace=True)
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df['tmp'] = df.COMMENT.str.lower().copy()
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df.tmp.replace({
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'â':'a',
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'ê':'e'
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}, regex=True)
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df.loc[df.tmp.str.contains("mâle",na=False),'sexe'] = "Mâle"
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df.loc[df.tmp.str.contains("adulte",na=False),'stade_vie'] = "Adulte"
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df.loc[df.tmp.str.contains("imago",na=False),'stade_vie'] = "Imago"
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df.loc[df.tmp.str.contains("larve",na=False),'stade_vie'] = "Larve"
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df.loc[df.tmp.str.contains("tetard",na=False),'stade_vie'] = "Têtard"
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df.loc[df.tmp.str.contains("immature",na=False),'stade_vie'] = "Immature"
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df.loc[df.tmp.str.contains("flor",na=False),'stade_vie'] = "Fleur"
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df.loc[df.tmp.str.contains("cris",na=False),'comportement'] = "Cris"
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df.loc[df.tmp.str.contains("cht",na=False),'comportement'] = "Chant"
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df.loc[df.tmp.str.contains("chant",na=False),'comportement'] = "Chant"
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df.loc[df.tmp.str.contains("transit",na=False),'comportement'] = "Passage en vol"
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df.loc[df.tmp.str.contains("vol",na=False),'comportement'] = "Passage en vol"
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df.loc[df.tmp.str.contains("chasse",na=False),'comportement'] = "Chasse/alimentation"
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df.loc[df.tmp.str.contains("andem",na=False),'comportement'] = "Tandem"
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df.loc[df.tmp.str.contains("ponte",na=False),'obj_denombrement'] = "Ponte"
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df.sexe.fillna('Non renseigné', inplace=True)
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df.stade_vie.fillna('Inconnu', inplace=True)
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df.comportement.fillna('Inconnu', inplace=True)
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df.obj_denombrement.fillna('Individu', inplace=True)
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df['typ_denombre'] = 'Compté'
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df['etat_bio'] = 'Observé vivant'
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df['tech_obs'] = 'Vu'
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df['OBSE_NOMBR'] = df.OBSE_NOMBR.astype(int)
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df.loc[~df.PRECISGEO.isna(),'precisgeo'] = df[~df.PRECISGEO.isna()].PRECISGEO.astype(int).astype(str)
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del df['tmp']
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df.to_csv(path.join(PATH,'Golf Club Lyon Faune Flore Oxalis 2021 (remanié).csv'))
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