Actualiser pivot_bdc_status/README.md

actu_bdc_status/README.md

@@ -0,0 +1,110 @@
+# Actualisation de la BDC Status INPN à partir d'un dossier ZIP
+## 1. Download BDC Status INPN
+``` sh
+# TAXREF V17.0 - Version du 15 novembre 2024
+wget https://inpn.mnhn.fr/docs-web/docs/download/232324
+mv ./232324 ./BDC-Statuts-v17.zip
+```
+
+## 2.Correction des formats de fichiers
+La dernière version de l'INPN fournis 2 fichier dont 1 fichier Excel.
+La mise à jour requière UNIQEMENT des fichiers CSV.
+- Décompresser le ZIP
+- Ouvrir le fichier Excel et enregistrer-le en CSV (encodage UTF8, séparateur virgule)
+- Reformer le ZIP
+
+## 3. Intégration de la nouvelle BDC Statut
+- Connectez-vous à votre serveur GéoNature et ouvrez un terminal python
+``` sh
+source geonature/backend/venv/bin/activate
+geonature shell
+```
+- Exécuter le script suivant en adaptant la variable `BASE_URL` (chemin d'accès vers le zip de la BDC Statut)
+``` py
+import os
+import logging
+from zipfile import ZipFile
+import importlib.resources
+
+from apptax.taxonomie.commands.utils import truncate_bdc_statuts
+from apptax.database import db
+from apptax.taxonomie.commands.utils import (
+    copy_from_csv,
+    refresh_taxref_vm,
+    populate_bdc_statut_cor_text_area,
+)
+
+logger = logging.getLogger()
+
+BASE_URL = "/home/geonatureadmin/tmp"
+zipfile = "BDC-Statuts-v17.zip"
+status_types_file = "BDC-Statuts-v17/BDC_STATUTS_TYPES_17.csv"
+status_file = "BDC-Statuts-v17/BDC_STATUTS_17.csv"
+
+truncate_bdc_statuts()
+db.session.commit()
+
+
+archive = ZipFile(os.path.join(BASE_URL, zipfile), "r")
+with archive.open(status_file) as f:
+    logger.info("Insert BDC statuts…")
+    copy_from_csv(
+        f,
+        "bdc_statut",
+        dest_cols=(
+            "cd_nom",
+            "cd_ref",
+            "cd_sup",
+            "cd_type_statut",
+            "lb_type_statut",
+            "regroupement_type",
+            "code_statut",
+            "label_statut",
+            "rq_statut",
+            "cd_sig",
+            "cd_doc",
+            "lb_nom",
+            "lb_auteur",
+            "nom_complet_html",
+            "nom_valide_html",
+            "regne",
+            "phylum",
+            "classe",
+            "ordre",
+            "famille",
+            "group1_inpn",
+            "group2_inpn",
+            "lb_adm_tr",
+            "niveau_admin",
+            "cd_iso3166_1",
+            "cd_iso3166_2",
+            "full_citation",
+            "doc_url",
+            "thematique",
+            "type_value",
+        ),
+    )
+
+logger.info("Populate BDC statuts…")
+db.session.execute(
+    importlib.resources.read_text("apptax.migrations.data", "taxonomie_bdc_statuts.sql")
+)
+
+populate_bdc_statut_cor_text_area(logger)
+refresh_taxref_vm()
+db.session.commit()
+
+exit()
+```
+
+## 4. Reformer les liens BDC Statut vs areas
+``` sh 
+geonature taxref link-bdc-statut-to-areas
+# Rendre accessible les status concernés par un département
+# L'argument -d peut être répété dans le cas de plusieurs département
+# Il est possible qu'il faille au préalable désactiver tous les status de la table bdc_statut_text
+geonature taxref enable-bdc-statut-text --clean -d 38
+```
+
+
+

insert_liste_alerte/README.md

@@ -0,0 +1,51 @@
+# Intégration de liste d'Alerte _`MAISON`_
+Dans le cas de l'Isère il s'agit de liste d'alerte départementale
+
+## 1. Les fonctions éventuellement à modifier
+Le script incrémente de nouveaux types de statuts dans la bdd : 
+- def insert_status_alerte (l.25) : Intégration du statut `alerte départementale` dans la table `taxonomie.bdc_statut_type`
+|cd_type_statut|lb_type_statut|regroupement_type|thematique|type_value|
+|-|-|-|-|-|
+|'AL'|'Liste d''alerte départementale'|'Alerte'|'STATUTS'|'VALUE'|
+- def insert_status_values (l.42) : Intégration de libellés de statut nom présent dans la table `taxonomie.bdc_statut_values`
+|code_statut|label_statut|
+|-|-|
+|'RE'|'Disparue au niveau départemental'|
+|'AS-1'|'Quasi menacée (localisées sans signe de déclin)'|
+|'AS-2'|'Quasi menacée (répandues mais en déclin)'|
+|'AS-3'|'Quasi menacée (répandues, déclin à confirmer)'|
+
+## 2. Le code à personaliser
+La personalisation impérative est située à partir de la ligne 231 du script :
+- l.235 : Import/Définition de la connexion à la bdd GéoNature.
+	En cas de définition de la connexion, ajoutez/completez le code ci-dessous :
+``` py 
+from sqlalchemy import create_engine
+from sqlalchemy.engine import URL
+gn_user = 'XXXX'
+gn_pwd  = 'XXXX'
+gn_adr  = 'XXXX'
+gn_base = 'XXXX'
+gn_url  = URL.create("postgresql+psycopg2", username=gn_user, password=gn_pwd, host=gn_adr, database=gn_base)
+con_gn  = create_engine(gn_url)
+```
+- l.242 : Chemin vers le fichier des listes d'alertes à importer. Le fichier doit être un Excel contenant à minima les colonnes suivantes : 
+|CD_NOM|Statut|Source|Source_url|
+|-|-|-|-|
+
+	ATTENTION : les lignes la `Source_url` est None ou NA (non remplie) seront ignorés.  
+	La colonne `Statut` recense les CODES STATUTS.  
+	_Pour exemple, vous pouvez vous référez au fichier utilisé en Isère : `listes_alertes_isère.xlsx`_
+- l.244 : Définir l'échelle administratif des listes à implémenter.
+- l.246 : Définir le nom du niveau adminsitratif concerné.
+- l.248 : Définir le code SIG du niveau adminnistratif. N'hésiter pas à vous référer à ceux déjà présent dans la table `taxonomie.bdc_statut_text`
+- l.253 : Dictionnaire des listes de statut présent dans le fichier Excel. A définir sous le format suivant
+``` json
+{
+'Source' : {
+	'id_doc': Valeur du cd_doc à implémenter dans la table taxonomie.bdc_statut_text
+	'id_values': [Liste de l'ensemble des statut concernés par la source.]
+},
+...
+}
+```

insert_liste_alerte/insert_liste_alerte.py

@@ -155,15 +155,22 @@ def test_status_text(con,col,cd_doc):
     with con.begin() as cnx:
         return cnx.execute(sql).one()[0]
     
-def insert_statut_text(con,cd_doc,doc):
+def insert_statut_text(con,cd_doc,doc,cd_sig,lb_adm_tr,niveau_admin):
     if test_data(con,'bdc_statut_text','cd_doc',cd_doc['id_doc']) > 0:
-    # if test_status_text(con,'cd_doc',cd_doc) > 0:
         print('ALERTE TEXT STATUS ALREADY EXISTS : ',doc)
     else:
         sql = '''
         INSERT INTO {sch}.{tab} (cd_type_statut,cd_doc,cd_sig,niveau_admin,lb_adm_tr,doc_url,enable) VALUES
-        ('AL',{cd_doc},'INSEED38','Département','Isère','{doc}',TRUE)
+        ('AL',{cd_doc},'{cdsig}','{lb_adm}','{niv_adm}','{doc}',TRUE)
-        ;'''.format(sch='taxonomie',tab='bdc_statut_text',cd_doc=cd_doc['id_doc'],doc=doc)
+        ;'''.format(
+            sch='taxonomie',
+            tab='bdc_statut_text',
+            cd_doc=cd_doc['id_doc'],
+            doc=doc,
+            cdsig=cd_sig,
+            lb_adm=lb_adm_tr,
+            niv_adm=niveau_admin
+        )
         with con_gn.begin() as cnx:
             cnx.execute(sql)
 
@@ -244,11 +251,26 @@ if __name__ == "__main__":
     # Dictionnaire des listes d’alerte à intégrer, 
     # identifiant et codes status respectivement concernés
     cd_doc = {
-        'Statut_de_conservation_des_poissons_et_écrevisses_en_Isère_2015':{'id_doc':999990,'id_values':['RE','CR','EN','VU','NT','LC','DD','NA',]},
+        'Statut_de_conservation_des_poissons_et_écrevisses_en_Isère_2015':{
-        'Liste_d’alerte_sur_les_orthoptères_menacés_en_Isère_2014':{'id_doc':999991,'id_values':['RE','CR','EN','VU','AS-1','AS-2','AS-3','LC','DD','NA']},
+            'id_doc':999990,
-        'Statuts_de_conservation_de_la_faune_sauvage_en_isere_2016':{'id_doc':999992,'id_values':['RE','CR','EN','VU','NT','LC','DD','NA','NE',]},
+            'id_values':['RE','CR','EN','VU','NT','LC','DD','NA',]
-        'Liste_rouge_des_Odonates_de_l’Isère_2013':{'id_doc':999993,'id_values':['RE','CR','EN','VU','NT','LC','DD','NA',]},
+        },
-        'Liste_rouge_des_lépidoprere_rhopaloceres_et_zygenes_de_l’Isère_2015':{'id_doc':999994,'id_values':['RE','CR','EN','VU','NT','LC','DD','NA','NE','EX']},
+        'Liste_d’alerte_sur_les_orthoptères_menacés_en_Isère_2014':{
+            'id_doc':999991,
+            'id_values':['RE','CR','EN','VU','AS-1','AS-2','AS-3','LC','DD','NA']
+        },
+        'Statuts_de_conservation_de_la_faune_sauvage_en_isere_2016':{
+            'id_doc':999992,
+            'id_values':['RE','CR','EN','VU','NT','LC','DD','NA','NE',]
+        },
+        'Liste_rouge_des_Odonates_de_l’Isère_2013':{
+            'id_doc':999993,
+            'id_values':['RE','CR','EN','VU','NT','LC','DD','NA',]
+        },
+        'Liste_rouge_des_lépidoprere_rhopaloceres_et_zygenes_de_l’Isère_2015':{
+            'id_doc':999994,
+            'id_values':['RE','CR','EN','VU','NT','LC','DD','NA','NE','EX']
+        },
     }
     
     df = (pd.read_excel(file,keep_default_na=False)
@@ -261,7 +283,7 @@ if __name__ == "__main__":
     df = df.loc[df.doc_url!='']
     for d in df.source.unique():
         doc_url = df.loc[df.source==d,'doc_url'].unique()[0]
-        insert_statut_text(con_gn,cd_doc[d],doc_url)
+        insert_statut_text(con_gn,cd_doc[d],doc_url,cd_sig,lb_adm_tr,niveau_admin)
 
     # INSERTION dans la table bdc_statut_taxons
     # Boucle sur chaque taxon. Peu prendre quelques minutes.

pivot_bdc_status/README.md

@@ -0,0 +1,61 @@
+# Exctraction de la BDC Statut à partir d'une liste de taxon.
+Le fichier source doit contenir à minima une colone contenant les `cd_nom` ou `cd_ref` concernés par l'extraction à réaliser.
+Dans le cas où il contient d'autres colonnes (date, nombre, observateur, ...), celles-ci seront jointes au sein des feuillets `pivot_table` et `pivot_libel` ; cf.ci-dessous.
+
+
+L'export obtenu se compose des feuillets suivants :
+- <ins>v_bdc_status :</ins> c'est un export qusi pure de la vue `taxonomie.v_bdc_status`.  
+|cd_nom|cd_ref|regne|phylum|classe|ordre|famille|group1_inpn|group2_inpn|group3_inpn|nom_vern|nom_complet|nom_valide|lb_nom|rq_statut|code_statut|cd_type_statut|label_statut|full_citation|doc_url|
+|-|-|-|-|-|-|-|-|-|-|-|-|-|-|-|-|-|-|-|-|
+- <ins>pivot_table :</ins> Il correspond à l'export de la vue `taxonomie.v_bdc_status` retourner pour avoir les codes status en colonnes et non en ligne en face de chaque espèce (1 ligne = 1 espèce).  
+Au sein de ce feuillet, il est possible qu'une espèce pour un statut, possède plusieurs codes statut. Ces codes seront alors écrit entre `[]` (C'est souvent le cas pour les listes LRN concernant les oiseaux). Dans ce cas, référez-vous au feuillet `v_bdc_status` en filtrant sur l'espèce concerné pour en savoir plus. C'est souvent lié au fait que l'espèce possède un statut différent en fonction des conditions d'observations (exemple : Hiverant, Nicheur, ...).  
+Les colonnes récupérées sont les suivantes : 
+	- 	<ins>AL :</ins> Liste d'alerte départementale
+	- <ins>BARC :</ins> Convention de Barcelone
+	- <ins>BERN :</ins> Convention de Berne
+	- <ins>BONN :</ins> Convention de Bonn
+	- <ins>OSPAR :</ins> Convention OSPAR
+	- <ins>DH :</ins> Directive Habitat
+	- <ins>DO :</ins> Directive Oiseaux
+	- <ins>LRE :</ins> Liste rouge européenne
+	- <ins>LRM :</ins> Liste rouge mondiale
+	- <ins>LRN :</ins> Liste rouge nationale
+	- <ins>LRR_AURA :</ins> Liste rouge régionale AURA
+	- <ins>LRR_RA :</ins> Liste rouge régionale (ancienne région)  
+	- <ins>PNA :</ins> Plan national en cours
+	- <ins>exPNA :</ins> Plan national terminé
+	- <ins>PAPNAT :</ins> Priorité action publique nationale
+	- <ins>POM :</ins> Protection COM
+	- <ins>PD :</ins> Protection départementale
+	- <ins>PN :</ins> Protection nationale
+	- <ins>PR :</ins> Protection régionale
+	- <ins>REGLII :</ins> Interdiction d'introduction
+	- <ins>REGLLUTTE :</ins> Lutte contre certaines espèces
+	- <ins>REGL :</ins> Réglementation
+	- <ins>REGLSO :</ins> Réglementation sans objet
+	- <ins>SCAP NAT :</ins> SCAP nationale
+	- <ins>SCAP REG :</ins> SCAP régionale
+	- <ins>SENSDEP :</ins> Sensibilité départementale
+	- <ins>SENSNAT :</ins> Sensibilité nationale
+	- <ins>SENSREG :</ins> Sensibilité régionale
+	- <ins>ZDET :</ins> ZNIEFF Déterminantes
+
+	**ATTENTION :** Il est normal de ne pas retrouver tous les statuts cités à chaque export car les types de statuts non concernées par la liste d'espèce soumises ne figureront pas dans le tableau. 
+- <ins>pivot_libel :</ins> Identique à `pivot_table` mais contenant les intitulés des statuts à la place des codes.
+- <ins>dic_type_statut :</ins> Dictionnaire des types de status concerné par l'extraction.
+
+## Configuration du fichier
+Les variables à modifier se situe de l.215 à l.225 : 
+- <ins>l.215 :</ins> Import/Définition de la connexion à la bdd GéoNature. En cas de définition de la connexion, ajoutez/completez le code ci-dessous :
+``` py
+from sqlalchemy import create_engine
+from sqlalchemy.engine import URL
+gn_user = 'XXXX'
+gn_pwd  = 'XXXX'
+gn_adr  = 'XXXX'
+gn_base = 'XXXX'
+gn_url  = URL.create("postgresql+psycopg2", username=gn_user, password=gn_pwd, host=gn_adr, database=gn_base)
+con_gn  = create_engine(gn_url)
+```
+- <ins>l.219 :</ins> Variable de configuration de lecture du fichier Excel contenant l'ensemble des taxons.
+- <ins>l.225 :</ins> Intitulé de la colonne listant les codes taxonomiques.

pivot_bdc_status/pivot_bdc_status.py

@@ -37,6 +37,12 @@ def get_status(lst,con):
     ;""".format(cd_nom = tuple(lst))
     return pd.read_sql_query(sql,con)
 
+def get_type_status(con):
+    sql = """
+        SELECT * FROM taxonomie.bdc_statut_type
+    ;"""
+    return pd.read_sql_query(sql,con)
+
 def get_api_status(api,cd_nom:int):
     res = requests.api.get('%s/%i'%(api,cd_nom))
     if res.status_code == 200:
@@ -225,6 +231,8 @@ if __name__ == "__main__":
     
     # Récupération des statuts
     df = get_status(taxlist[cd_col].astype(str),con_gn)
+    typ = get_type_status(con_gn)
+    typ = typ[typ.cd_type_statut.isin(df.cd_type_statut.unique())]
 
     # Distinction LRR [old vs new] région
     is_lrr = df.cd_type_statut == 'LRR'
@@ -287,3 +295,8 @@ if __name__ == "__main__":
             )
         # writer.save()
         print('pivot_libel OK !')
+        typ.to_excel(
+            writer,sheet_name='dic_type_statut',index=False
+            )
+        # writer.save()
+        print('dic_type_statut OK !')