GeoNature-Tools/pivot_bdc_status/README.md

Exctraction de la BDC Statut à partir d'une liste de taxon.

Le fichier source doit contenir à minima une colone contenant les cd_nom ou cd_ref concernés par l'extraction à réaliser. Dans le cas où il contient d'autres colonnes (date, nombre, observateur, ...), celles-ci seront jointes au sein des feuillets pivot_table et pivot_libel ; cf.ci-dessous.

L'export obtenu se compose des feuillets suivants :

• v_bdc_status : c'est un export qusi pure de la vue taxonomie.v_bdc_status.

  cd_nom	cd_ref	regne	phylum	classe	ordre	famille	group1_inpn	group2_inpn	group3_inpn	nom_vern	nom_complet	nom_valide	lb_nom	rq_statut	code_statut	cd_type_statut	label_statut	full_citation	doc_url

• pivot_table : Il correspond à l'export de la vue taxonomie.v_bdc_status retourner pour avoir les codes status en colonnes et non en ligne en face de chaque espèce (1 ligne = 1 espèce).
  Au sein de ce feuillet, il est possible qu'une espèce pour un statut, possède plusieurs codes statut. Ces codes seront alors écrit entre [] (C'est souvent le cas pour les listes LRN concernant les oiseaux). Dans ce cas, référez-vous au feuillet v_bdc_status en filtrant sur l'espèce concerné pour en savoir plus. C'est souvent lié au fait que l'espèce possède un statut différent en fonction des conditions d'observations (exemple : Hiverant, Nicheur, ...).
  Les colonnes récupérées sont les suivantes :

  • AL : Liste d'alerte départementale
  • BARC : Convention de Barcelone
  • BERN : Convention de Berne
  • BONN : Convention de Bonn
  • OSPAR : Convention OSPAR
  • DH : Directive Habitat
  • DO : Directive Oiseaux
  • LRE : Liste rouge européenne
  • LRM : Liste rouge mondiale
  • LRN : Liste rouge nationale
  • LRR_AURA : Liste rouge régionale AURA
  • LRR_RA : Liste rouge régionale (ancienne région)
  • PNA : Plan national en cours
  • exPNA : Plan national terminé
  • PAPNAT : Priorité action publique nationale
  • POM : Protection COM
  • PD : Protection départementale
  • PN : Protection nationale
  • PR : Protection régionale
  • REGLII : Interdiction d'introduction
  • REGLLUTTE : Lutte contre certaines espèces
  • REGL : Réglementation
  • REGLSO : Réglementation sans objet
  • SCAP NAT : SCAP nationale
  • SCAP REG : SCAP régionale
  • SENSDEP : Sensibilité départementale
  • SENSNAT : Sensibilité nationale
  • SENSREG : Sensibilité régionale
  • ZDET : ZNIEFF Déterminantes

  ATTENTION : Il est normal de ne pas retrouver tous les statuts cités à chaque export car les types de statuts non concernées par la liste d'espèce soumises ne figureront pas dans le tableau.

• pivot_libel : Identique à pivot_table mais contenant les intitulés des statuts à la place des codes.

• dic_type_statut : Dictionnaire des types de status concerné par l'extraction.

Configuration du fichier

Les variables à modifier se situe de l.215 à l.225 :

• l.215 : Import/Définition de la connexion à la bdd GéoNature. En cas de définition de la connexion, ajoutez/completez le code ci-dessous :

from sqlalchemy import create_engine
from sqlalchemy.engine import URL
gn_user = 'XXXX'
gn_pwd  = 'XXXX'
gn_adr  = 'XXXX'
gn_base = 'XXXX'
gn_url  = URL.create("postgresql+psycopg2", username=gn_user, password=gn_pwd, host=gn_adr, database=gn_base)
con_gn  = create_engine(gn_url)

• l.219 : Variable de configuration de lecture du fichier Excel contenant l'ensemble des taxons.
• l.225 : Intitulé de la colonne listant les codes taxonomiques.