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pivot_bdc_status/README.md

@@ -3,43 +3,59 @@ Le fichier source doit contenir à minima une colone contenant les `cd_nom` ou `
 Dans le cas où il contient d'autres colonnes (date, nombre, observateur, ...), celles-ci seront jointes au sein des feuillets `pivot_table` et `pivot_libel` ; cf.ci-dessous.
 
 
-L'export obtenu se compose des trois feuillets suivant :
-- v_bdc_status : c'est un export qusi pure de la vue `taxonomie.v_bdc_status`.  
-|cd_nom|cd_ref|regne|phylum|classe|ordre|famille|group1_inpn|group2_inpn|group3_inpn|nom_vern|nom_complet|nom_valide|lb_nom|rq_statut|code_statut|cd_type_statut|label_statut|full_citation|doc_url|  
-|-|-|
-- pivot_table : Il correspond à l'export de la vue `taxonomie.v_bdc_status` retourner pour avoir les codes status en colonnes et non en ligne en face de chaque espèce (1 ligne = 1 espèce).  
+L'export obtenu se compose des feuillets suivants :
+- <ins>v_bdc_status :</ins> c'est un export qusi pure de la vue `taxonomie.v_bdc_status`.  
+|cd_nom|cd_ref|regne|phylum|classe|ordre|famille|group1_inpn|group2_inpn|group3_inpn|nom_vern|nom_complet|nom_valide|lb_nom|rq_statut|code_statut|cd_type_statut|label_statut|full_citation|doc_url|
+|-|-|-|-|-|-|-|-|-|-|-|-|-|-|-|-|-|-|-|-|
+- <ins>pivot_table :</ins> Il correspond à l'export de la vue `taxonomie.v_bdc_status` retourner pour avoir les codes status en colonnes et non en ligne en face de chaque espèce (1 ligne = 1 espèce).  
 Au sein de ce feuillet, il est possible qu'une espèce pour un statut, possède plusieurs codes statut. Ces codes seront alors écrit entre `[]` (C'est souvent le cas pour les listes LRN concernant les oiseaux). Dans ce cas, référez-vous au feuillet `v_bdc_status` en filtrant sur l'espèce concerné pour en savoir plus. C'est souvent lié au fait que l'espèce possède un statut différent en fonction des conditions d'observations (exemple : Hiverant, Nicheur, ...).  
 Les colonnes récupérées sont les suivantes : 
-	- AL : Liste d'alerte départementale
-	- BARC : Convention de Barcelone
-	- BERN : Convention de Berne
-	- BONN : Convention de Bonn
-	- OSPAR : Convention OSPAR
-	- DH : Directive Habitat
-	- DO : Directive Oiseaux
-	- LRE : Liste rouge européenne
-	- LRM : Liste rouge mondiale
-	- LRN : Liste rouge nationale
-	- LRR_AURA : Liste rouge régionale AURA
-	- LRR_RA : Liste rouge régionale (ancienne région)  
-	- PNA : Plan national en cours
-	- exPNA : Plan national terminé
-	- PAPNAT : Priorité action publique nationale
-	- POM : Protection COM
-	- PD : Protection départementale
-	- PN : Protection nationale
-	- PR : Protection régionale
-	- REGLII : Interdiction d'introduction
-	- REGLLUTTE : Lutte contre certaines espèces
-	- REGL : Réglementation
-	- REGLSO : Réglementation sans objet
-	- SCAP NAT : SCAP nationale
-	- SCAP REG : SCAP régionale
-	- SENSDEP : Sensibilité départementale
-	- SENSNAT : Sensibilité nationale
-	- SENSREG : Sensibilité régionale
-	- ZDET : ZNIEFF Déterminantes
+	- 	<ins>AL :</ins> Liste d'alerte départementale
+	- <ins>BARC :</ins> Convention de Barcelone
+	- <ins>BERN :</ins> Convention de Berne
+	- <ins>BONN :</ins> Convention de Bonn
+	- <ins>OSPAR :</ins> Convention OSPAR
+	- <ins>DH :</ins> Directive Habitat
+	- <ins>DO :</ins> Directive Oiseaux
+	- <ins>LRE :</ins> Liste rouge européenne
+	- <ins>LRM :</ins> Liste rouge mondiale
+	- <ins>LRN :</ins> Liste rouge nationale
+	- <ins>LRR_AURA :</ins> Liste rouge régionale AURA
+	- <ins>LRR_RA :</ins> Liste rouge régionale (ancienne région)  
+	- <ins>PNA :</ins> Plan national en cours
+	- <ins>exPNA :</ins> Plan national terminé
+	- <ins>PAPNAT :</ins> Priorité action publique nationale
+	- <ins>POM :</ins> Protection COM
+	- <ins>PD :</ins> Protection départementale
+	- <ins>PN :</ins> Protection nationale
+	- <ins>PR :</ins> Protection régionale
+	- <ins>REGLII :</ins> Interdiction d'introduction
+	- <ins>REGLLUTTE :</ins> Lutte contre certaines espèces
+	- <ins>REGL :</ins> Réglementation
+	- <ins>REGLSO :</ins> Réglementation sans objet
+	- <ins>SCAP NAT :</ins> SCAP nationale
+	- <ins>SCAP REG :</ins> SCAP régionale
+	- <ins>SENSDEP :</ins> Sensibilité départementale
+	- <ins>SENSNAT :</ins> Sensibilité nationale
+	- <ins>SENSREG :</ins> Sensibilité régionale
+	- <ins>ZDET :</ins> ZNIEFF Déterminantes
 
 	**ATTENTION :** Il est normal de ne pas retrouver tous les statuts cités à chaque export car les types de statuts non concernées par la liste d'espèce soumises ne figureront pas dans le tableau. 
-- pivot_libel : Identique à `pivot_table` mais contenant les intitulés des statuts à la place des codes.
-- dic_type_statut : Dictionnaire des types de status concerné par l'extraction.
+- <ins>pivot_libel :</ins> Identique à `pivot_table` mais contenant les intitulés des statuts à la place des codes.
+- <ins>dic_type_statut :</ins> Dictionnaire des types de status concerné par l'extraction.
+
+## Configuration du fichier
+Les variables à modifier se situe de l.215 à l.225 : 
+- <ins>l.215 :</ins> Import/Définition de la connexion à la bdd GéoNature. En cas de définition de la connexion, ajoutez/completez le code ci-dessous :
+``` py
+from sqlalchemy import create_engine
+from sqlalchemy.engine import URL
+gn_user = 'XXXX'
+gn_pwd  = 'XXXX'
+gn_adr  = 'XXXX'
+gn_base = 'XXXX'
+gn_url  = URL.create("postgresql+psycopg2", username=gn_user, password=gn_pwd, host=gn_adr, database=gn_base)
+con_gn  = create_engine(gn_url)
+```
+- <ins>l.219 :</ins> Variable de configuration de lecture du fichier Excel contenant l'ensemble des taxons.
+- <ins>l.225 :</ins> Intitulé de la colonne listant les codes taxonomiques.